Shinji Ikari rơi vào trạng thái tê liệt về mặt cảm xúc sau cái chết của một người bạn thân. Khi con trai không còn khả năng điều khiển Evangelion Unit-01 do suy sụp tinh thần, NERV dưới quyền Gendou Ikari bắt đầu chạy đua với tổ chức bí mật SEELE để xem bên nào có thể thực hiện kế hoạch tối thượng của mình trước. SEELE muốn tạo ra một thực thể mang quyền năng như một vị thần bằng cách hợp nhất linh hồn của các thành viên vào một đơn vị Evangelion, trong khi Gendou muốn đưa toàn bộ nhân loại trở về trạng thái tồn tại nguyên thủy để có thể đoàn tụ với Yui, người vợ đã qua đời của mình.

SEELE triển khai lực lượng quân sự tiến hành cuộc tấn công đẫm máu vào trụ sở NERV. Khi quân đội của SEELE lần lượt hạ sát các nhà khoa học và nhân viên an ninh của NERV, Asuka Langley Souryuu điều khiển Evangelion Unit-02 trong nỗ lực tuyệt vọng cuối cùng nhằm chống lại những vũ khí mạnh nhất của SEELE.

Trận chiến tiếp tục diễn ra ác liệt, trong khi Shinji suy sụp trốn sâu bên trong trụ sở NERV. Khi số phận của thế giới nằm trong tay Shinji, Đại úy Misato Katsuragi ráo riết tìm kiếm cậu thiếu niên giữa lúc xã hội xung quanh đang dần sụp đổ.