Sau một năm ở Mỹ, Kurisu Makise trở lại Akihabara và đoàn tụ với Rintarou Okabe. Tuy nhiên, cuộc hội ngộ của họ nhanh chóng bị gián đoạn khi Okabe bắt đầu liên tục trải qua những ký ức chớp nhoáng về các dòng thời gian khác, khi hậu quả từ những chuyến du hành thời gian của anh dần bộc lộ. Những tác động này cuối cùng lên đến đỉnh điểm khi Okabe đột ngột biến mất khỏi thế giới, và chỉ còn Kurisu bàng hoàng là người duy nhất còn nhớ đến sự tồn tại của anh. Giữa lúc tuyệt vọng, Kurisu phải đối mặt với một lựa chọn vô cùng khó khăn, thử thách cả trách nhiệm của cô với tư cách một nhà khoa học lẫn lòng trung thành của cô với tư cách một người bạn: làm theo lời khuyên của Okabe và tránh xa việc du hành thời gian để ngăn những hậu quả có thể xảy ra đối với các dòng thời gian, hay phớt lờ lời khuyên đó để cứu người mà cô trân trọng nhất. Dù đưa ra quyết định nào, con đường mà cô lựa chọn cũng sẽ ảnh hưởng đến quá khứ, hiện tại và tương lai.