Akira Toudou là một nam sinh trung học sống ở phía bắc Okinawa, cùng mẹ và chị gái Haruka tận hưởng cuộc sống bình yên. Tuy nhiên, ẩn sau cuộc sống êm đềm ấy là một bí mật được gia đình truyền lại qua nhiều thế hệ: Haruka đã thừa hưởng một sức mạnh bí ẩn từ cha, được biết đến với cái tên "Engine", và cô luôn phải che giấu sức mạnh này với mọi người. Trong khi đó, Akira lại chẳng thừa hưởng được gì. Cậu luôn mặc cảm vì sự yếu kém của bản thân.

Thế rồi, những sự kiện kỳ lạ bắt đầu xảy ra trên khắp thế giới. Kẻ thù bí ẩn đang nhắm đến Akira và những người bạn của cậu rốt cuộc có mục đích gì? Giờ đây, khi vận mệnh của cả vũ trụ đang bị đặt lên bàn cân, người anh em chẳng có gì trong tay và cô chị gái sở hữu tất cả phải cùng nhau khám phá xem họ thực sự có thể làm được những gì.