Mười lăm năm sau thảm họa mang tên Second Impact, thế giới phải đối mặt với một mối đe dọa mới: những sinh vật khổng lồ đến từ vũ trụ được gọi là Angels lần lượt xâm chiếm Tokyo-3. Nhân loại không thể chống lại các Angels, bất chấp việc sử dụng những loại vũ khí và chiến thuật quân sự tiên tiến nhất. Hy vọng duy nhất để cứu lấy loài người nằm trong tay NERV, một tổ chức bí ẩn do Gendou Ikari lạnh lùng lãnh đạo. NERV vận hành những cỗ máy hình người khổng lồ mang tên “Evangelion”, được trang bị vũ khí tối tân cùng các lớp phòng thủ đặc biệt gọi là Absolute Terror Field, nhằm chiến đấu với các Angels. Nhiều năm sau khi bị cha bỏ rơi, Shinji Ikari, cậu con trai 14 tuổi của Gendou, trở lại Tokyo-3. Shinji luôn phải vật lộn với những tổn thương sâu kín bắt nguồn từ cái chết của mẹ và sự thờ ơ về mặt tình cảm mà cậu phải chịu đựng từ cha mình. Sợ hãi việc mở lòng với người khác, cuộc đời Shinji mãi mãi thay đổi khi cậu gặp Misato Katsuragi, nữ sĩ quan cấp cao 29 tuổi của NERV, người dành cho cậu sự quan tâm tự do và ấm áp như một người mẹ mà cậu chưa từng được trải nghiệm. Một cuộc tấn công tàn khốc của Angel buộc Shinji phải hành động, khi Gendou tiết lộ lý do thực sự ông gọi con trai trở lại Tokyo-3: Shinji là đứa trẻ duy nhất có khả năng điều khiển hiệu quả Evangelion Unit-01, một cỗ máy mới có thể đồng bộ với các chỉ số sinh học của cậu. Bất chấp những tổn thương tâm lý khủng khiếp do việc điều khiển Evangelion gây ra, Shinji vẫn bảo vệ Tokyo-3 trước mối đe dọa từ các Angels mà không hề hay biết về những âm mưu đen tối của chính cha mình.