Năm 2015, hơn một thập kỷ đã trôi qua kể từ khi thảm họa mang tên Second Impact giáng xuống nhân loại. Trong quá trình phục hồi sau biến cố này, một số ít người đã biết đến sự tồn tại của những sinh vật được gọi là Angels - những thực thể khổng lồ và tà ác với mục đích kích hoạt Third Impact, qua đó quét sạch phần nhân loại còn lại. Được cha mình, Gendou Ikari, gọi đến thành phố Tokyo-3, cậu thiếu niên Shinji bất ngờ bị cuốn vào cuộc chiến sinh tồn của nhân loại. Kể từ sau cái chết của mẹ, Shinji đã sống xa cách với Gendou và cho rằng cha muốn hàn gắn mối quan hệ gia đình đã tan vỡ giữa hai người. Thế nhưng, Shinji nhanh chóng phát hiện mình được gọi đến đây để điều khiển một cỗ máy khổng lồ có khả năng chiến đấu với các Angels - Evangelion Unit-01. Bị buộc phải đối đầu hết đợt này đến đợt khác trước mối đe dọa lớn nhất mà nhân loại từng biết, cậu bé trẻ tuổi dần nhận ra mình đang bị cuốn vào trung tâm của một kế hoạch có thể vĩnh viễn thay đổi tương lai của toàn nhân loại.